Ο Αναπληρωτής Καθηγητής Θωμάς Κ. Μπαμπάλης διδάσκει το μάθημα της Διδακτικής Μεθοδολογίας και της Ψυχοκοινωνιολογίας της σχολικής τάξης στο Παιδαγωγικό τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Αθηνών. Επίσης διδάσκει αντίστοιχα γνωστικά αντικείμενα σε Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών των Πανεπιστημίων Αθηνών, Αιγαίου και Κύπρου. Από το 2011 είναι Πρόεδρος του Εποπτικού Επιστημονικού Συμβουλίου του Πρότυπου και Πειραματικού Σχολείου «Μαράσλειος». Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα επικεντρώνονται στην ψυχοκοινωνιολογία της σχολικής τάξης, την επικοινωνία σχολείου-οικογένειας, τη σχολική παιδαγωγική, την κοινωνικοποίηση του παιδιού στο σχολικό περιβάλλον, την ποιότητα και αποτελεσματικότητα στο σχολείο και την κοινωνική και συναισθηματική μάθηση.