Ο Ισίδωρος Παχουνδάκης είναι Ακαδημαϊκός Υπεύθυνος και διδάσκων στο E-Learning Πρόγραμμα Εκπαίδευσης του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών «Διοίκηση & Διαχείριση Πολυπολιτισμικών και Πολυθρησκευτικών Πληρωμάτων στην Εμπορική Ναυτιλία», διετέλεσε Διευθυντής Σπουδών του Phoenix Maritime Academy του Νηογνώμονα Phoenix Register of Shipping, των «Ναυτιλιακών Οικονομικών» του Οικονομικού Τμήματος του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και του Προγράμματος Εξειδίκευσης «Σύγχρονες Εφαρμογές Διοίκησης Ανθρώπινου Δυναμικού στη Ναυτιλία» του Πανεπιστημίου Μακεδονίας. Επίσης, υπήρξε επί 10 έτη Καθηγητής στη Σχολή Πλοιάρχων του Κέντρου Επιμορφώσεως Στελεχών Εμπορικού Ναυτικού. Δίδαξε στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου, στο Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας, στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, στην Αστυνομική Ακαδημία, στη Σχολή Μονίμων Υπαξιωματικών και στην Ιστορική Σχολή Πλοιάρχων της Ακαδημίας Εμπορικού Ναυτικού της Ύδρας. Σήμερα διδάσκει στο Πανεπιστήμιο Πειραιά, στο Πανεπιστήμιο Πατρών και στο Πανεπιστήμιο Μακεδονίας. Επίσης, είναι Διευθυντής και Ιδρυτής του Institute of International Nautical Studies, Μέλος του Συμβουλίου του Blue Career Centre for the Eastern Mediterranean της Ευρωπαϊκής Επιτροπής και Επιστημονικός Σύμβουλος στη θεματική της Ναυτιλίας στο Περιοδικό Πεμπτουσία . Το γνωστικό του αντικείμενο είναι η Διαχείριση της Πολιτισμικής και Θρησκευτικής Ετερότητας στη Ναυτιλία και η Διαχείριση της Διαφορετικότητας στους χώρους εργασίας, που άπτεται του πεδίου της Διοίκησης Ανθρώπινου Δυναμικού.